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【赛前必读】

一、大赛背景

为加快推动上海计算生物学创新发展，推动人工智能技术与生物医药产业深度融合发展，上海市生物医药科技产业促进中心将举办2026上海国际计算生物学创新大赛。本届大赛围绕真实研发任务，建立“AI设计—实验验证—反馈优化”的闭环机制，设置小分子设计和抗体设计两条赛道，系统性评估和推动针对重要疾病靶点的AI分子设计方法，力争将大赛做成在AI赋能生命科学领域有影响力的国际大赛。 

二、大赛目标

1、汇聚全球领域人才，强化学科交叉、交流创新前沿、挖掘场景需求、迸发创新火花，助力人工智能与生物医药融合发展，进一步提升上海计算生物学整体竞争优势。

2、打造高端国际赛事IP，塑造特色品牌形象，拓宽对外交流渠道，提升上海在全球计算生物学领域的话语权与影响力。

3、培育良性创新转化环境，聚焦技术研发与场景落地，持续深化以赛代评、以赛选人机制，整合多方优质资源，搭建高效联动的产业资源网络。

4、鼓励新型计算范式与先进算力赋能药物发现，探索AI等新型计算范式，鼓励对GPU、MaPU等异构计算硬件的综合运用。

三、参赛对象

1、大赛面向全球社会各界开放，不限国籍，各高等院校、科研单位、企事业单位、个人等均可登录官网报名参赛。

2、全体参赛团队成员须在本平台完成报名并组队，报名时需提供所有成员的个人基本信息，并通过实名认证后参赛。

3、组队要求：每位参赛者仅可组建或者加入一支参赛团队，原则上不允许更换队伍；每支参赛团队限定1—5人。由队长在大赛平台<我的团队>页面创建队伍（团队名称由队长自行拟定），其他队员搜索团队名称加入。参赛选手需在报名截止日期前完成组队。同一参赛团队可选择参加小分子设计赛道、抗体设计赛道，或同时参加两个赛道。

说明：

1、参与赛题编制和大赛组织的相关人员不得参赛。 

2、参赛账号仅限参赛者本人使用，不得将其以任何形式向第三方转让、出租、出借、出售、披露、泄露等。

3、参赛者有义务保证账号信息的真实性和有效性，因信息无效或错误造成的后果由参赛者自行承担。

4、参赛者对参赛账号的使用自行承担责任，遭遇安全问题（如账号遗失、被盗、被未授权使用等）时应立即通知主办方。

四、赛题简介

本届赛题分为小分子和抗体两个赛道，围绕具有转化潜力与创新价值的靶点方向，选出小分子赛道单纯疱疹病毒DNA聚合酶（HSV Pol）和抗体赛道免疫检查点分子PVRIG (CD112R)作为本届大赛的赛题。

单纯疱疹病毒（HSV）感染广泛流行，可引起口唇疱疹、生殖器疱疹、角膜炎及脑炎等疾病，而HSV Pol作为病毒复制的核心功能蛋白，其耐药突变的持续出现严重影响临床治疗效果。鉴于耐药突变可通过多种路径影响聚合酶构象动态与药物敏感性，本赛题将聚焦野生型与典型耐药突变体的联合抑制设计，要求参赛团队综合考虑蛋白序列、多构象结构及多突变体等复杂因素开展计算设计与优化，具有较强的不确定性和计算挑战性，能够很好体现AI与计算生物学方法在复杂生物体系建模和抗耐药药物发现中的典型应用。

PVRIG（CD112R）与配体PVRL2结合后可抑制T细胞和NK细胞功能，促进肿瘤免疫逃逸，被认为是具有重要潜力的新一代肿瘤免疫治疗靶点。鉴于不同抗体可通过识别不同表位、采用不同阻断机制实现功能活性，本赛题将聚焦阻断PVRIG-PVRL2相互作用的抗体设计，要求参赛团队综合考虑亲和力、特异性及可开发性等多任务目标开展计算设计与优化，具有较高的计算复杂度，能够很好体现AI与计算生物学在抗体结构生成、表位识别及理性优化中的典型应用。

五、大赛交流

如您对本届大赛有任何疑问，可通过以下方式联系我们：

方式一：添加官方微信小助手（※请所有参赛团队队长务必添加小助手）

微信扫描二维码添加“大赛小助手”微信账号。添加后回复“上海计算生物学大赛”，进行咨询。

方式二：发送邮件

电子邮箱：SICBC@phaimus.com 

邮件主题建议包含“大赛咨询”字样，以便识别。

重要提示：

1、咨询接待时间为工作日（周一至周五）9:30-18:00。在此期间发送的咨询信息，我们将尽快处理并回复；非工作日（含节假日）或工作日 9:30 前和 18:00 之后发送的咨询，将于下一个工作日处理并回复。

2、为提高沟通效率并确保信息准确，请务必在沟通时清晰注明您的姓名、团队名称及联系方式（如手机号码）等报名信息。该信息将仅用于组委会内部身份核对及事务处理。

3、上述指定的微信账号和电子邮箱均为本届大赛的官方联络渠道，由大赛组委会统一运营管理。

请注意识别官方渠道，谨防假冒。 

六、术语说明

1、小分子赛道术语说明

参赛分子：参赛团队提交的作品为参赛分子，包括基于赛事指定化合物库筛选推荐的小分子化合物，或参赛团队自主设计并按要求提供实体样品的全新小分子化合物。为保持表述统一，提交、排序、查重、递补及作品审核阶段使用“参赛分子”。

候选小分子：经作品审核、查重、递补及可采购性或可合成性确认后，进入购买、定制、样品寄送及湿实验验证流程的小分子化合物，统称为候选小分子。为保持表述统一，购买、定制、样品寄送、TSA初筛、IC50检测、复评及湿实验评分阶段使用“候选小分子”。

小分子化合物：泛指赛题对象、化合物库或小分子药物发现相关内容时，使用“小分子化合物”。

2、抗体赛道术语说明

候选抗体序列：参赛团队在报名提交或迭代提交阶段提交的抗体氨基酸序列。为保持表述统一，提交、报名审核、迭代提交审核等环节使用“候选抗体序列”。

候选抗体分子：经审核通过后，由主办方根据候选抗体序列表达、纯化并用于体外检测的抗体样品，统称为候选抗体分子。为保持表述统一，表达、纯化、体外检测、实验验证、评分、晋级及奖项排序等环节使用“候选抗体分子”。

候选抗体：不特别区分序列提交形式或实验样品形态，泛指抗体赛道相关参赛作品时，使用“候选抗体”。

七、其他说明

若出现以下情况，将视为违规，大赛组委会有权取消参赛团队的参赛资格：

1、参赛报名信息虚假，或不符合大赛报名及组队要求的参赛者/参赛团队；

2、参赛作品涉嫌抄袭、侵犯他人知识产权等行为；

3、参赛期间，参赛团队或参赛作品被发现或经举报核实存在其他违法、违规行为；

4、大赛数据：组委会仅授权参赛者和参赛团队在本届大赛参赛范围内使用本次大赛提供的数据进行模型训练工作，未经组委会书面同意，不得将本次比赛提供的模型训练数据用于任何商业用途； 

5、比赛知识产权相关说明，以大赛官网发布的《知识产权说明》为准。

本届大赛规程最终解释权归大赛组委会所有。

组织机构

1. 指导单位：

上海市科学技术委员会

2. 主办单位：

上海市生物医药科技产业促进中心

3. 战略合作伙伴：

上海银行股份有限公司

上海银诺医药技术有限公司

4. 支持单位：

上海大学医学院

上海市重大传染病和生物安全研究院

近岸蛋白

上海合成免疫工程技术研究中心

5. 协办单位：

原创新药研究全国重点实验室

复旦大学生物技术学院

生命科学开放联盟

智药邦

科迈生物

泰坦科技

国投先导基金

国泰海通

易方达资本

6. 承办单位：

上海生物医药公共技术服务有限公司

上海市生物医药产业技术功能型平台

奖项设置和服务政策

（一）小分子赛道奖项设置

1、一等奖（1支团队）：奖金10万元，颁发获奖证书。

2、二等奖（2支团队）：每支团队奖金3万元，颁发获奖证书。

3、三等奖（2支团队）：每支团队奖金2万元，颁发获奖证书。

4、优胜奖（5支团队）：每支团队奖金1万元，颁发获奖证书。

（二）抗体赛道奖项设置

1、一等奖（1支团队）：奖金10万元，颁发获奖证书。

2、二等奖（2支团队）：每支团队奖金3万元，颁发获奖证书。

3、三等奖（2支团队）：每支团队奖金2万元，颁发获奖证书。

4、优胜奖（5支团队）：每支团队奖金1万元，颁发获奖证书。

（三）服务政策

1、择优推荐。一、二、三等奖获奖团队优先获得上海市相关科技计划支持。

2、场景合作。联合本市生物医药龙头企业、重点高校及科研院所，为符合条件的获奖团队推荐对接真实场景的实验验证平台及联合研发机会，推动算法与模型在真实新药研发管线中的验证与应用。

3、成果转化。为获奖项目提供专利申报、创业辅导、投融资对接等一站式服务，推动优秀项目转化落地。

4、学术论文发表。支持比赛结果与相关分析发表于同行评议的学术期刊，提升成果的学术影响力。

5、人才发展。与本市重点生物医药企业、创新研发机构、AI制药公司及基金公司等建立“人才推荐白名单”机制。获奖团队的核心参赛成员可优先获得定向实习、优先录用等权益，搭建从赛场到职场的直通桥梁。

（四）相关说明

1、奖金为税前奖金，主办方将按照相关税收政策完税后发放给参赛团队。

2、同一参赛团队在同一赛道内如有多个候选小分子或候选抗体分子进入获奖排序，仅按该团队排名最高的代表分子对应奖项授奖。即不同奖项不可兼得，例如获得“一等奖”的参赛团队所推荐的其余候选小分子或候选抗体分子不可再兼得“优胜奖”。 

3、鉴于赛程中可能出现不可控因素（如候选小分子的活性、购买周期，候选抗体表达与纯化情况、实验排期等），主办方有权在比赛过程中按实际情况调整赛事规则，最终解释权归主办方所有。

一、赛题简介

2024年依托上海生物医药与计算生物学领域的研究基础，上海大学卞月珉教授作为共同第一作者与美国哈佛大学医学院团队合作，在国际顶级期刊《Cell》（《细胞》）上发表题为《Viral DNA polymerase structures reveal mechanisms of antiviral drug resistance》的研究论文，从多构象角度系统揭示了单纯疱疹病DNA聚合酶（HSV Pol）在病毒复制及抗病毒药物作用中的结构基础与耐药机制，阐明了其构象动态调控与药物选择性之间的内在联系，为新型抗耐药的抗HSV药物开发提供了重要理论依据。

单纯疱疹病毒DNA聚合酶（HSV DNA polymerase, HSV Pol）属于病毒编码的B族DNA聚合酶家族，是HSV复制复合体中的核心功能蛋白。其与过程性因子UL42形成异二聚体复合物，共同参与病毒DNA复制，其中Pol负责核苷酸聚合与3′-5′外切酶校对功能，UL42通过增强DNA结合能力显著提高复制过程性，从而驱动病毒基因组高效复制。HSV 感染广泛存在，可引起口唇疱疹、生殖器疱疹、角膜炎及脑炎等疾病，其复制过程高度依赖HSV Pol活性，因此该靶点在抗病毒治疗中具有核心地位。当前临床药物（如阿昔洛韦、膦甲酸）均通过抑制HSV Pol发挥作用，但耐药突变可通过调控聚合酶构象动态降低药物敏感性，导致治疗失败。因此，靶向HSV Pol，特别是针对其耐药相关构象机制开发新型抑制剂，有望突破现有耐药瓶颈。

目前，尽管HSV Pol作为经典抗病毒靶点已被广泛关注，但针对其构象动态特征设计的高亲和力、高选择性抑制剂仍较为匮乏。结构动态复杂、耐药机制隐蔽以及传统筛选手段效率有限等因素，成为制约该靶点药物开发的关键瓶颈。

本大赛将以HSV Pol为核心靶点，基于其蛋白序列与多构象结构信息，依托AI与计算生物学技术，筛选能够抑制野生型（WT）及典型耐药突变体W781V、N815S、Y941H的潜在非核苷类小分子化合物，并结合实验验证其活性，加速抗HSV新型药物的发现与临床转化，推动AI与计算生物学技术在抗病毒药物研发中的应用。

二、赛题目标

基于HSV DNA聚合酶（HSV Pol）的蛋白序列与多构象结构信息，通过发展和优化计算生物学方法并结合湿实验验证，系统筛选并发现对WT与典型耐药突变体（W781V、N815S、Y941H）具有优良综合活性的非核苷类HSV Pol抗耐药抑制剂，以推动计算生物学在创新药物研发中的转化应用。

※靶点信息补充：

本赛题靶点为单纯疱疹病毒1型DNA聚合酶催化亚基HSV Pol（UL30），对应UniProt ID为H9E937。HSV Pol（UL30）已有多种实验结构报道，可为参赛团队开展结构建模、构象分析、分子对接、虚拟筛选及分子动力学模拟等计算研究提供参考。其中，PDB结构8V1Q展示了HSV-1 DNA聚合酶在无核苷酸结合状态下的开放构象，8V1R展示了HSV-1 DNA聚合酶与dTTP结合后的闭合构象。参赛团队可结合蛋白序列、已报道实验结构（不局限于上述两个PDB结构）及典型耐药突变体信息，综合开展面向非核苷类HSV Pol抗耐药抑制剂的设计与筛选。

三、小分子化合物库

指定小分子化合物库：包含约1000万个小分子化合物及其详细信息（提供化合物库下载链接：化合物数据清单2026.zip），涵盖片段库、类药性化合物库、活性化合物库、天然产物库，以及商业化合物优选库和拓展化合物库等。

其中，具有活性注释的小分子化合物约2万个，为多靶点、多类型的泛生物活性化合物集合，可作为参赛团队开展模型训练、方法验证、相似性分析和结构参考的可选辅助数据。该部分分子的提供，不代表其对本赛题靶点 HSV Pol 具有已知活性，也不构成赛事标准答案，最终候选小分子的活性评价以主办方统一组织的湿实验验证结果为准。

建库标准：1、基于结构标准化和哈希索引的方法进行去重；2、运用 RDKit 算法剔除无法识别的小分子化合物；3、保留分子量为300 ~ 600 Da的小分子；4、完成软件兼容性测试）

四、赛程安排

大赛包括报名、初赛、复赛和决赛四个阶段。

1、报名阶段（大赛发布日起至8月9日18:00:00）

参赛者以个人或组队形式报名（均需创建参赛团队），并在规定时间内按要求提交参赛作品。主办方将组织初赛入围审核，于8月16日前公布入围团队和进入初赛初筛环节的候选小分子列表。参赛团队需提交的作品包括：

 
2、初赛阶段（8月中旬至11月中旬）

在初赛阶段，主办方将围绕HSV DNA聚合酶（HSV Pol）靶点对候选小分子开展湿实验验证和评价。（小分子初赛及复赛实验测试流程与评分规则下载：

附件4.小分子赛道实验测试流程与评分规则.pdf）。主办方将于2026年11月中旬，公布晋级复赛的团队名单。初赛包括以下三个环节：
 

 
3、复赛阶段（11月中旬至11月下旬）

在复赛阶段，主办方将围绕HSV DNA聚合酶（HSV Pol）靶点对候选小分子开展湿实验验证和评价。主办方将于2026年11月30日前，公布晋级决赛的团队名单。
 

 
4、决赛（12月上旬）

晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩，由决赛评委会进行打分，并现场公布各团队的答辩成绩。

主办方将根据湿实验成绩（70%）和答辩成绩（30%）的加权得分，决出一、二、三等奖。未晋级决赛但在湿实验成绩中排名第6至第10位的参赛团队，授予优胜奖。

注意：决赛答辩相关要求及评分说明，将于决赛开始前在大赛平台公布，请参赛者及时关注大赛官方信息。

五、作品提交

时间期限：赛题发布日起至8月9日18:00:00

赛事要求每个参赛团队使用自主构建或基于开源方法改造的 AI 计算模型参与比赛，在大赛平台“提交作品”页面提交所有作品材料：

1、方案摘要：参赛团队在报名后，提交不超过1页的拟开展方案摘要（摘要模板下载：附件1.拟开展方案摘要模板.docx、评分标准下载：附件2.摘要评分规则.pdf）。

2、参赛分子：每支参赛团队提交100个参赛分子，并按预测得分由高到低排序（作品提交模板下载：附件3.小分子赛道初赛作品提交模板.docx）。

3、模型文件及源代码：主办方鼓励参赛团队提供可复现参赛分子筛选结果的源代码、模型文件及必要说明（模型/代码的原理、代码使用说明等）。如参赛团队进入复赛，则必须提交源代码。

4、注意事项：

（1）对于小分子化合物，参赛团队所提交的参赛分子，若源于赛事指定化合物库，则由主办方购买或定制（如遇到无货/货期长/无法合成等不可控因素，则顺延至下一个参赛分子）；若为参赛团队自主设计并自行合成的全新小分子化合物样品实体，则由参赛团队寄送给主办方（于2026年9月27日前快递到指定地点），自行合成的小分子化合物应满足以下要求：样品量 ≥ 10 mg，纯度 ≥ 95%，提供小分子化合物的结构式、NMR氢谱、碳谱、高分辨质谱等表征资料。

（2）本赛题允许使用开源数据和开源代码作为基础，但要求有明确的创新要素；参赛团队（若提交源代码）需要注明开源数据与开源代码或参考模型的出处。

六、评分标准

主办方将依据参赛团队所提交的方案摘要，筛选出不超过100支参赛团队进入比赛。参赛团队的最终得分由初赛及复赛得分（湿实验成绩占70%）和决赛得分（答辩成绩占30%）加权求和，根据最终得分生成最终排名。初赛及复赛（小分子评分规则下载：附件4.小分子赛道实验测试流程与评分规则.pdf，小分子实验筛选流程：附件5.小分子实验筛选流程图.pdf）和决赛（评分规则：附件11.决赛评分表.pdf）的评分规则如下：

1. 初赛评分：初赛阶段候选小分子将经过“初筛-初评”两个湿实验验证环节，评比规则如下：

（1）初筛：对于通过入围审核进入初赛的候选小分子，主办方将开展基于TSA的高通量初筛，在100 μM浓度下检测其与HSV Pol野生型（WT）蛋白的结合所引起的热稳定性变化，并按ΔTm由高到低排序；其中ΔTm ≥ 2℃的候选小分子参与排名，前100名进入初评环节；若满足条件的候选小分子不足100个，则全部进入初评环节。 

（2）初评：主办方对进入初评环节的候选小分子开展基于体外DNA聚合酶活性检测体系的多浓度功能验证，拟合其对HSV Pol WT蛋白的剂量-效应曲线，并按IC50从低到高排序；在此基础上，以每支参赛团队表现最优的 1 个候选小分子作为代表分子形成团队排序，排名前 10的参赛团队进入复评环节，同时形成WT抑制活性积分。

2. 复赛评分：

复赛共包括4个环节，评比规则如下：

复评环节1（W781V耐药突变体抑制活性评价）：主办方对进入复评环节的候选小分子开展HSV Pol W781V突变体多浓度IC50检测，并获得相应的抑制活性积分。

复评环节2（N815S耐药突变体抑制活性评价）：主办方对进入本阶段的候选小分子开展HSV Pol N815S突变体多浓度IC50检测，并获得相应的抑制活性积分。

复评环节3（Y941H耐药突变体抑制活性评价）：主办方对进入本阶段的候选小分子开展HSV Pol Y941H突变体多浓度IC50检测，并获得相应的抑制活性积分。

复评环节4（总分汇总）：主办方结合初评环节的WT抑制活性积分、复评环节三个耐药突变体的抑制活性积分，以及初筛环节基于WT蛋白热稳定性变化的相互作用积分，按20%、20%、20%、20%、20%的权重加权汇总，生成各参赛团队的湿实验成绩。

3．决赛评分

晋级决赛的参赛团队将受邀进行现场答辩，由决赛评委会进行打分，并现场公布各团队的答辩成绩。

晋级初赛团队名单

【小分子赛道】

※说明：晋级团队名单按照团队名称的首字母排列。

一、赛题简介

PVRIG（Poliovirus Receptor Related Immunoglobulin Domain Containing），又称 CD112R，属于 Nectin/PVR 相关免疫球蛋白超家族，是 DNAM-1/TIGIT/CD96/PVRIG 免疫调控轴中的抑制性受体之一。PVRIG 主要表达于CD8⁺ T 细胞和 NK 细胞表面，也可见于部分 CD4⁺ T 细胞。其主要配体为 PVRL2/CD112，后者常表达于肿瘤细胞和抗原提呈细胞表面。

在生理情况下，PVRIG 与 PVRL2 结合后可向效应免疫细胞传递抑制性信号，降低 T 细胞和 NK 细胞的活化、增殖、细胞因子分泌及杀伤功能。同时，PVRIG 还会与共刺激受体 CD226（DNAM-1）竞争性结合PVRL2，从而进一步削弱抗肿瘤免疫反应。因此，PVRIG-PVRL2 轴被认为是肿瘤免疫逃逸的重要组成部分，并与 PD-1/PD-L1、TIGIT-PVR 等通路形成互补性的免疫抑制网络。

目前研究表明，PVRIG 本身主要在肿瘤浸润免疫细胞中表达升高，而其配体 PVRL2 在多种肿瘤中异常表达更为常见，尤其见于卵巢癌、子宫内膜癌，在急性髓系白血病（AML）、多发性骨髓瘤（MM）等疾病中也具有潜在意义。该轴可通过持续抑制肿瘤微环境中的 T/NK 细胞功能，帮助肿瘤逃避免疫清除。基于这一机制，靶向 PVRIG 有望解除免疫抑制、恢复效应细胞活性，并与 PD-1 或 TIGIT 抑制剂形成协同，提升对现有免疫治疗反应不足患者的获益。

尽管 PVRIG 具有明确的成药潜力，但其抗体研发仍存在较大挑战。首先，PVRIG 胞外结构域较小，真正决定阻断活性的功能表位有限，抗体即使能够结合靶点，也不一定能有效阻断其与 PVRL2 的相互作用。其次，PVRIG 与配体结合界面具有一定构象复杂性，对抗体的结合角度、表位位置和空间位阻提出了更高要求。再次，该靶点存在一定的物种差异，跨物种结合和药效验证模型构建较困难，不利于早期筛选与体内评价。此外，由于 PVRIG 主要表达在免疫细胞表面，候选抗体还需平衡阻断活性、Fc 功能设计、安全性和可开发性，避免不必要的免疫细胞清除或成药性缺陷。

图1 PVRIG在TIGIT/DNAM-1免疫调控轴中的作用示意图（来源：Alteber et al., 2021）

公开资料显示，目前已有抗 PVRIG 抗体分子进入临床研究阶段，其中 COM701 是较具代表性的候选分子之一，相关研究重点探索其与 PD-1 抑制剂等药物联用的可能性。但从现有结果看，PVRIG 更可能作为联合治疗靶点而非单药突破靶点，且患者筛选、生物标志物定义和最佳适应症选择仍未完全明确。

二、赛题目标

基于 PVRIG 及其天然配体 PVRL2 已知的蛋白序列、复合物结构与作用界面等信息，通过 AI 算法开展模型优化或从头设计，获得能够高效结合 PVRIG、阻断其与天然配体 PVRL2 相互作用的高亲和力、高特异性抗体分子，以推动计算生物学与抗体工程在创新免疫治疗药物研发中的转化应用。

三、参考信息

1. 推荐抗体数据库：参赛团队可使用 OAS、PLAbDab、INDI 等数据库，进行模型训练，或筛选可供优化改造的起始抗体。

The Observed Antibody Space database (OAS)

https://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/oas/

The Patent and Literature Antibody Database (PLAbDab) 

https://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/plabdab/

Integrated Nanobody® Database (INDI)

https://naturalantibody.com/indi2/

2. 靶点蛋白信息

（1）蛋白序列：可参考UniProt数据库信息

PVRIG/CD112R，Q6DKI7

PVRL2/CD112/Nectin-2，Q92692

（2）蛋白结构：可参考已报道的PVRIG与天然配体PVRL2复合物结构（PDB ID: 8X6B, 9E6Y），也可进行同源建模等结构预测

8X6B: Crystal structure of immune receptor PVRIG in complex with ligand Nectin-2

9E6Y: Structure of CD112 (Nectin-2) domain 1 bound to CD112R (PVRIG)

（3）指定表位：候选抗体应结合PVRIG胞外区，靶向其与天然配体PVRL2的结合界面，并能够阻断PVRIG与PVRL2的相互作用

3. 提交抗体说明

接受IgG单克隆抗体或VHH纳米抗体，前者需提供VH和VL氨基酸序列，后者仅需VHH氨基酸序列；提交的抗体序列需明确是从头设计（注：从头设计全新CDR区也算在内）或优化改造。无论是从头设计还是优化改造，候选抗体的6个CDR（IgG抗体）或3个CDR（VHH纳米抗体）与任一已知阳性参照抗体对应CDR的序列相似性原则上均应低于80%；不符合该要求的候选序列，主办方有权不予纳入后续实验验证。如为优化改造，还需提交起始分子信息。

抗体序列数据质量校验工具（自动校验序列完整性并过滤与已知阳性参照高度相似的候选抗体）参见：

https://github.com/clickmab-bio/ab-data-validator#

4. PVRIG阳性参照抗体

PVRIG阳性参照抗体示例如下：

Tab5（IgG抗体，公开资料来源）

重链VH氨基酸序列

EVQLVESGGGVVKPGGSLRLSCAASGFTFGTSSMNWVRQAPGKGLEWVAVISFDGTEIHYADSVKGRFTISRDNSKSTVFLQMNSLRPDDTALYYCAKGSGNIYFYSGMDVWGQGTTVTVSS

轻链VL氨基酸序列

DIQMTQSPSTLSASVGDRVTITCRAGQSISGWLAWFQQKPGKAPNLLIYETSTLESGVPSRFSGSGSGTEYTLTISSLQPDDFATYYCQQYYSYPLTFGQGTKVEIK

HR-151（VHH抗体，公开资料来源）

纳米抗体VHH氨基酸序列

HVQLVESGGGSVQAGGSLRLSCVASASGFTYRPYCMAWFRQAPGKEREAVAGIDIFGGTTYADSVKGRFTASRDNAGFSLFLQMNDLKPEDTAMYYCAAGDSPDGRCPPLGQGLNYWGQGTQVTVSS

四、赛程安排

抗体赛道包括报名、初赛、迭代提交、复赛和决赛共5个阶段，各阶段安排如下：

1、报名阶段（大赛发布日起至7月26日18:00:00）

参赛者以个人或组队形式报名（均需创建参赛团队），并在规定时间内提交拟开展方案摘要及第一轮候选抗体序列。主办方对第一轮候选抗体序列开展序列层面的综合评估与入围审核，筛选不超过50支团队进入初赛，并根据各团队提交序列的优先级，原则上选择每队不超过10条候选抗体序列进入初赛初筛环节。

（请注意：参赛团队如拟参加抗体赛道，须在抗体赛道报名及作品提交截止前完成相关材料提交。小分子赛道提交通道仅适用于小分子赛道，不能用于补交抗体赛道作品）
 

2、初赛阶段（8月上旬至9月下旬）

初赛包括第一轮单浓度初筛、BLI多浓度测定与竞争ELISA检测、结果反馈与晋级三个环节，并根据候选抗体分子的实验综合表现筛选不超过30支团队获得迭代提交资格（抗体赛道实验测试流程与评分规则下载：附件7.抗体赛道实验测试流程与评分规则.pdf）
 

 
3、迭代提交阶段（9月下旬至10月中旬）

进入迭代提交阶段的参赛团队，应结合初赛阶段的湿实验反馈结果，对模型方法、筛选策略或候选抗体序列进行针对性优化，并在规定时间内同步提交第二轮候选抗体序列及迭代优化摘要。主办方将结合迭代优化摘要、第二轮候选序列的设计质量、科学合理性、团队推荐顺序及后续实验验证潜力开展复赛入围审核，原则上确定不超过30支团队进入复赛；对于通过复赛入围审核的参赛团队，主办方将根据其第二轮提交序列的推荐优先级和综合评估结果，原则上每队遴选不超过10条候选抗体序列进入复赛实验验证。
 

 
4、复赛阶段（10月中旬至11月下旬）

复赛阶段将沿用第一轮技术路线开展复赛验证与综合评价。复赛包括第二轮单浓度初筛、BLI多浓度测定与竞争ELISA检测、成绩确认与决赛晋级三个环节，并根据复赛结果筛选5支团队进入决赛。
 

 
5、决赛阶段（12月上旬）

晋级决赛的参赛团队受邀参加现场答辩，由决赛评委会进行综合打分。

主办方将根据湿实验成绩（70%）与现场答辩成绩（30%）的加权结果确定决赛总排名，并评出一、二、三等奖。未晋级决赛但在湿实验成绩中排名第6至第10位的参赛团队，授予优胜奖。

注意：决赛答辩相关要求及评分说明，将于决赛开始前在大赛平台公布，请参赛者及时关注大赛官方信息。

五、作品提交

时间期限：赛题发布日起至2026年7月26日18:00:00

赛事要求每个参赛团队使用自主构建或基于开源方法改造的 AI 计算模型参与比赛，在大赛平台“提交作品”页面提交所有作品材料：

（一）方案摘要：参赛团队在报名后，提交不超过1页的拟开展方案摘要（摘要模板下载：附件1.拟开展方案摘要模板.docx、评分标准下载：附件2.摘要评分规则.pdf）。

（二）候选抗体序列：参赛团队使用自建的AI计算模型参与比赛，每支团队提交50个参赛序列，并按预测得分由高到低排序（作品提交模板下载：附件6.抗体赛道初赛作品提交模板.docx）。

（三）模型文件及源代码：主办方鼓励参赛团队提供可复现候选抗体序列筛选结果的源代码、模型文件及必要说明（模型/代码的原理、代码使用说明等）。如参赛团队进入复赛阶段的复筛环节，则必须提交源代码。

（四）迭代补充方案摘要：进入第二轮迭代的团队须在第二轮提交候选抗体序列时，同步提交迭代优化补充摘要（摘要模板下载：附件9.抗体赛道迭代提交摘要模板.docx、评分标准下载：附件10.抗体赛道迭代提交摘要评分规则.pdf），说明其基于初赛结果对模型方法或候选抗体序列所作的主要优化和修改。

注意事项：

1.  对于抗体，参赛团队仅需提供抗体序列，无需提供实体样品。主办方负责所有抗体的表达和活性验证。为统一标准，抗体的编号统一采用IMGT编号方法，且候选抗体应结合 PVRIG 细胞外结构域，并优先靶向其与天然配体 PVRL2 的结合界面，以实现阻断 PVRIG-PVRL2 相互作用的功能目标。

2. 本赛题允许使用开源数据和开源代码作为基础，但要求有明确的创新要素；参赛团队（若提交源代码）需要注明开源数据与开源代码或参考模型的出处。

六、评分标准

抗体赛道设置报名、初赛、迭代提交、复赛和决赛五个阶段。参赛团队的最终得分由湿实验成绩（占70%）和决赛答辩成绩（占30%）加权求和，根据最终得分生成决赛总排名。初赛、复赛（评分规则下载：附件7.抗体赛道实验测试流程与评分规则.pdf；实验筛选流程下载：附件8.抗体实验筛选流程图.pdf）和决赛（评分规则：附件11.决赛评分表.pdf）的评分规则如下：

1. 报名阶段：

主办方将根据参赛团队所提交候选抗体序列的优先级，对候选抗体序列进行综合评估。每支团队最多提交50条候选抗体序列，原则上从中遴选10条候选抗体序列进入初筛环节。本阶段评审重点包括以下几个方面：

（1）序列合理性，即候选抗体序列是否符合抗体分子的基本结构特征，是否具备较好的表达、纯化和稳定性基础；

（2）CDR相似性评估，即分析同一参赛团队提交候选抗体序列与阳性参照抗体的 CDR 区氨基酸序列相似性。阳性参照抗体范围包括主办方已掌握的相关抗体，以及虽未由主办方提供、但可通过公开渠道检索获得的相关抗体。原则上，候选抗体序列与阳性参照抗体的 CDR 相似性准入门槛应低于 80%。同时，还将结合参赛团队全部提交序列之间的差异性进行评估，避免出现大量重复或近重复设计。

相似性的计算方法为：使用ANARCI工具按IMGT抗体编号确定CDR区，使用MUSCLE软件进行序列对比确定汉明距离（Hamming Distance），然后计算出Identity指标作为相似性的衡量，即Identity（%）=（1 - 汉明距离/CDR长度）× 100%。具体见主办方提供的抗体序列数据质量校验工具：

https://github.com/clickmab-bio/ab-data-validator#

（3）整体设计质量与可验证性，即综合考察候选抗体序列的创新性、可开发性以及潜在风险因素，例如高风险翻译后修饰位点等。

2．初赛评分：

初赛阶段的评分规则如下：

（1）初筛：主办方对入围候选抗体序列统一开展重组表达、纯化，并对表达获得的候选抗体分子进行BLI单浓度检测。接下来基于BLI结合结果、表达量和纯度进行综合评分与排序。综合得分＝BLI得分×0.7＋表达量得分×0.2＋纯度得分×0.1。其中，BLI结合、弱结合、不结合分别记100分、50分、0分 （BLI检测采用不高于500 nM的抗原浓度，以BLI响应值（response shift, nm）为判定指标：响应值≥0.1 nm为结合，0≤响应值<0.1 nm 为弱结合，响应值<0 nm 为不结合）；表达量＞100 mg/L、25-100 mg/L、＜25 mg/L分别记100分、60分、0分；纯度≥90%、80%-90%、＜80%分别记100分、80分、60分。原则上按候选抗体分子综合得分排序，如同一团队有多个候选抗体分子进入复筛，后续团队排序原则上以该团队表现最优的代表分子成绩为准。

（2）复筛：主办方对通过初筛的候选抗体分子开展BLI多浓度亲和力测定和竞争ELISA检测，并根据Kd值和IC50值进行综合评分。Kd值和IC50值均按由低到高排序，第1名记100分，此后每下降1个名次递减2分；无有效结果的相应项目记0分。复筛综合得分＝Kd排序得分×0.5＋IC50排序得分×0.5。初赛结束后，排名前30名团队获得第二轮提交资格，并进入第二轮迭代阶段，经第二轮提交入围后进入复赛。

3．复赛评分：复赛评分规则与初赛一致。晋级团队提交第二轮50个候选抗体序列，原则上仍遴选每队不超过10个候选抗体序列进入复赛实验验证。复赛结束后，主办方将在初赛和复赛阶段已完成实验评价的全部候选抗体分子中，取各团队实验评分最高的1个候选抗体分子作为代表分子，并据此形成团队湿实验成绩排名。排名前5的团队进入决赛，排名第6至第10名的团队授予优胜奖。

4．决赛评分：晋级决赛的5支参赛团队将受邀进行现场答辩，由决赛评委会进行打分。决赛最终得分 = 湿实验成绩 × 70% + 现场答辩成绩 × 30%。其中，晋级决赛团队在初赛和复赛阶段已完成实验评价的全部候选抗体分子成绩将合并比较，取其中实验评分最高的候选抗体分子成绩计入湿实验成绩。答辩主要围绕技术路线、模型方法、结果分析、创新性及可解释性等方面进行综合评审。注意：决赛答辩相关要求及评分说明将于决赛开始前在大赛平台公布，请参赛者及时关注大赛官方信息。

晋级初赛团队名单

【抗体赛道】

※说明：晋级团队名单按照团队名称的首字母排列。

关于小分子赛道同一候选分子被多支团队提交的规则公告

各参赛团队：

本届大赛小分子赛道作品出现同一候选分子被多支团队提交的情况。为明确竞赛规则，保障赛事评审公平、有序开展，现将相关规则公告如下：

一、初赛阶段：

同一候选分子可同时纳入相关团队的初赛评价，该分子的活性及实验表现，以组委会统一组织的湿实验验证结果为准，相应结果可用于相关团队在本阶段的评价。

二、复赛资格认定阶段：

如同一候选分子的实验结果可能影响相关团队的代表分子或复赛资格认定，组委会将比较该分子在各团队最终提交作品中的排序。该分子的湿实验成绩计入排序更靠前的团队，并可按赛事规则作为该团队的代表分子。其他团队则从其余候选分子中确定表现最优的分子作为代表分子。

三、特殊情形

如该分子在相关团队提交作品中的排序相同，或出现其他难以区分的情形，将由组委会组织大赛学术委员会，结合相关团队提交的完整候选分子名单、整体排序及其他参赛材料进行综合评议。

四、其他说明

上述处理均以作品提交截止前大赛平台提交的最终有效版本为依据。本公告仅用于本届大赛的成绩计算、代表分子确定、复赛资格认定及评奖，不构成对候选分子、算法、模型、数据或其他成果知识产权权属的判断或确认。

请各参赛团队知悉。

2026上海国际计算生物学创新大赛组委会

2026年8月27日

关于部分已知活性化合物不纳入小分子赛道测评的公告（2）

各参赛团队：

    经参赛团队反馈，并经组委会核查，2026上海国际计算生物学创新大赛小分子赛道指定化合物库中收录的以下两个化合物，已有公开文献报道其对HSV-1 DNA聚合酶（UL30）具有抑制活性：

    1. Psoromic acid

    TITAN ID：TITAN212525453

    InChI Key：FUCWJKJZOHOLEO-UHFFFAOYSA-N

    2. Oosporein

    TITAN ID：TITAN214472011、TITAN212101634

    InChI Key：DHMPJEGFPQTNFX-UHFFFAOYSA-N

    为保障大赛的公平性和创新性，经组委会研究决定，以上两个化合物作为已有公开文献报道的已知结构活性分子，不纳入本届大赛小分子赛道的有效参赛分子范围，不参与后续筛选、实验测试及评分。为保障测试工作有序开展，如参赛团队提交的分子中包含上述化合物，其测试顺序将自动顺延。

    感谢参赛团队提出的专业建议，也欢迎各团队继续就赛题相关问题向组委会反馈。

2026上海国际计算生物学创新大赛组委会

2026年8月7日

关于部分已知活性化合物不纳入小分子赛道测评的公告（1）

各参赛团队：

    经参赛团队反馈，并经组委会核查，2026上海国际计算生物学创新大赛小分子赛道指定化合物库中收录的以下两个化合物，已有文献报道其对HSV-1 DNA聚合酶（UL30）具有活性：

    1.  PNU 183792

    TITAN ID：TITAN220772521

    InChI Key：SXLQSQMKOYVAAW-UHFFFAOYSA-N 

    2.  Aphidicolin

    TITAN ID：TITAN104233857

    InChI Key：NOFOAYPPHIUXJR-APNQCZIXSA-N 

    为保障大赛的公平性和创新性，经组委会研究决定，以上两个化合物作为已知结构的活性分子，不纳入本届大赛小分子赛道的有效参赛分子范围，不参与后续筛选、实验测试及评分。请各参赛团队在提交参赛分子时予以注意；如已将上述化合物列入拟提交名单，请及时进行调整或更换。

    感谢参赛团队提出的专业建议，也欢迎各团队继续就赛题及化合物库相关问题向组委会反馈。

2026上海国际计算生物学创新大赛组委会

2026年7月24日